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      真空離心濃縮儀在測序實驗室的應用

      真空離心濃縮儀有兩個版本:作為配有抗腐蝕化學隔膜泵的完整系統的一部分或是作為一個便于升級的基本配置,確保高效、平緩地對您的樣品(如DNA/RNA,蛋白質)進行真空濃縮。對于許多提供商業化高通量測序服務的實驗室,由于必須濃縮處理大量低濃度DNA樣品,是該款真空離心濃縮儀最佳的“用武之地"。也許有人會考慮通過應用不同方法(如乙醇沉淀)反復濃縮以達到濃縮核酸的目的,但是這種操作既耗時且損失大量樣品,無法保障精確測序的要求而被此類實驗室擯棄。另外,濃縮干燥DNA樣品也要把握適度原則,否則樣品中濕度過低,DNA不易重溶,—樣會影響后續實驗的效果。

      本文總結了真空離心濃縮儀在測序實驗室的多方面應用,不僅展示出其在濃縮核酸方面的獨特優勢,并且在去除醇殘留、分裝酶、凍干樣品及干燥大量樣品等方面均有上佳表現。

      真空離心濃縮儀-上海那艾

      真空離心濃縮儀方法

      通常,測序反應所使用的都為0.2 ml的小管,為了使這些小管能更有效地插入真空離心濃縮儀專配的轉子,我們可以選用離心機用于0.2 ml PCR管相配的適配器。

      1.再濃縮DNA樣品

      許多時候,當完成循環測序通過聚丙烯酰胺凝膠分離后,卻發現結果不盡如人意,我們首先需要考慮DNA樣品是否濃縮不足?除了通過比色分析濃度、通過將樣品溶入少量溶劑濃縮樣品外,推薦您使用5301真空離心濃縮儀再濃縮DNA樣品,通過加熱60℃與“功能1”命令,僅需30分鐘就可將150 ulDNA水溶液濃縮至10 ul,而且不影響DNA之后在測序中的反應。相同的參數條件也可用于測序中使用的引物濃縮。對于比較敏感的樣品,我們不必機械地選擇溫度參數,可以適當地選擇相對低的溫度,只要相應延長離心濃縮的時間即可。

      2.去除DNA樣品中的醇殘留

      無法對重溶的DNA樣品進行標準的測序反應,可能是由于DNA樣品中存在醇污染,通過5301真空離心濃縮儀加熱60℃與“功能1”命令,4分鐘內就可將DNA樣品中的醇殘留去除。

      3.分裝酶

      通過分別稱量分裝小量酶如RNase 至微量檢測管,想來就是件費時費力的工作。為了在每個微量檢測管中加入1 mg酶,先將100 mg 酶溶入1 ml水中,在 多道移液器的幫助下在每個微量檢測管中加入10 ul酶溶液,接下來就是真空離心濃縮儀的強項,45℃與“功能1”命令,5分鐘內就可將酶溶液中的水份完全蒸發。

      4.干燥功能

      大家通常都有這種經驗,大量質粒DNA的抽提、乙醇沉淀、離心、回收都是在25 ml/50 ml離心管中完成,雖然真空離心濃縮儀沒有適用于這類容器的轉子,但仍然可以通過一點點變通來實現這類大量樣品的干燥濃縮。具體的過程如下:用Parafilm膜將25 ml/50 ml離心管封口并在膜上打孔,將真空離心濃縮儀內的轉子移去,把25 ml/50 ml離心管用PS環捆扎固定直接放入離心腔,在真空狀態下孵育15分鐘后選擇“功能1”命令,就可最大限度的干燥濃縮這類大量樣品。

      5.凍干樣品

      雖然不是專門設計的功能,真空離心濃縮儀還可用于凍干樣品。該項應用要求樣品的蒸發與凍融能同步進行。盡管樣品的溫度會隨著不斷蒸發而下降,該用途的參數選擇上的關鍵在于權衡樣品容量與初始樣品溫度之間的關系。為了凍干細胞的不同組成部分,我們將重量小于1g的樣品預先儲存在-20℃而將重量大于1g的樣品儲存在-70℃,將5301真空離心濃縮儀內的轉子移去,把預先冷凍處理的樣品PS環固定直接放入離心腔,在真空狀態下室溫孵育2-3小時并選擇“功能1”命令,就完成了對樣品的凍干處理。


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